El funcionamiento orgánico del INBIO se resume en el organigrama. La estructura de gobierno, formada por un Consejo de Instituto, del que depende la dirección del Instituto, así como la subdirección y la secretaría, viene dada por el reglamento de funcionamiento interno, aprobado para los institutos universitarios de la Universidad de Cádiz, el cual se recoge en el anexo A7. Dicho reglamento recoge la composición del Consejo de Instituto, así como las funciones de este y de la dirección, subdirección y secretaria del instituto. El Consejo nombrará un Consejo Ejecutivo formado por el director, el subdirector, el secretario, los directores de departamentos, así como representantes del personal permanente, del no permanente y del personal de administración y servicios con máximo de 12 miembros. Dicho Consejo Ejecutivo nombrará tantas comisiones asesoras como sean necesarias, entre ellas la Comisión de Evaluación Externa (CEE).

La Subdirección del INBIO, responsable de transferencia, supervisará el funcionamiento del Servicio de Instrumentación y Apoyo a la Investigación, que se integrará en los Servicios Periféricos de la Universidad de Cádiz. En él se aglutina el equipamiento científico necesario tanto para el desarrollo de la investigación diseñada en los diferentes departamentos del INBIO, como para dar servicio externo.